在乾清宫的朱由检，虽然自己没在战场前线，但有系统助力，他能得到战场的第一消息。通过系统，他看到高迎祥、李自成、张献忠这些叛军逃往陕西，而后张献忠部向四川方向逃窜，这一切都在自己的掌握中。
其实他早已经做好了部署，在赵云率军去打叛军之时，朱由检早已经秘密传令五省都督卢象升亲率天雄军与陕西三边总督洪承畴一道在陕西境内设伏，并密令四川女将二品诰命夫人秦良玉亲率白杆军在四川境内设伏，怕的就是万一。
朱由检知晓历史，历史上的张献忠到四川建大西政权，祸害百姓，他必须要阻止张献忠入川。
此时两大军都已准备好，等待叛军入瓮。
朱由检料定，大军主力去平叛农民军，此时辽东皇太极必然蠢蠢欲动，借机会进犯大明边境。此时朱由检确实无暇去顾后金，他要等平了农民军后再去平辽东，但是必须得有部队去震慑皇太极，保证西平叛乱的成功。
可是朝廷已无兵可派，而只有在自己身边的一千多御林军可用，此时他想到了系统，他要召唤部队，他要知道系统现在有多少能量点。
系统的声音响起：“叮，宿主，目前能量点有多，你可以召唤的部队。”
朱由检二话不说答道：“系统，请帮我召唤。”
“收到，宿主，已为你召唤，人的部队已经在殿外等候。”
朱由检命典韦收编，并且令王承恩传旨兵部尚书袁崇焕进殿面君。
袁崇焕进殿来，朱由检直接步入正题：“袁爱卿，此时国内正在用兵，朕怕辽东皇太极趁火打劫，朕命你前去守关锦宁防线，震慑旗铁骑。朕把手里这御林军给你，并赐尚方宝剑，可便宜行事。”
这御林军本就是朱由检为了有一天急用而建立的，可以说每一个御林军都各怀武艺、身手不凡，以一当十。
袁崇焕自然知道，皇上身边这御林军的神秘性。
朱由检不忘提醒袁崇焕道：“卿当自持，以国事为重，不可胆大妄为。”他怕袁崇焕会犯错误，虽然他是一个军事天才。
袁崇焕领命，带领御林军直奔辽东。
话说叛军一路披荆斩棘，日夜兼程，此时显然大家已经慌了，可以说这是起义以来最大的一次失败，一进陕西境内，张献忠便提出了要分开走，说是为了分散敌人兵力，实则是要发展自己的势力，李自成不好挽留。
张献忠本就为人狡猾多变、生性残忍，因其貌发黄作战勇猛周围人都称他为“黄虎”。一日，张献忠同亲随去一个寺庙，因门槛把自己绊倒，大怒，竟将寺庙全部僧侣杀死，其残忍程度可见一斑。
他之所以要去四川，自己当然有自己的小九九，他有当皇上的野心，岂能屈就在高迎祥、李自成手下。
张献忠奔走四川以为有了自己的一片天地，其实早已经进入到朱由检部的大网之中。
这边高迎祥、李自成在行进的路上，忽然发现前面有明军拦截，而为首者就是卢象升与洪承畴，霎时，他们知道自己已经进了朱由检设置的陷阱中，他们不得不感叹当今皇上英明，定睛看去前有围军，后有追兵。
而赵云的大军此时也已经赶到了。
五省都督卢象升义正言辞道：“高迎祥、李自成你们还不投降吗？缴械不杀。”
赵云也说道：“当今陛下，已经为大家准备了万担粮食，要为陕西、甘肃老百姓解决困难，保证大家以后能安居乐业。如有降者既往不咎。”
李自成部显然有的人已经动了心，放下了武器投奔明军，李自成见状大喝道：“大家不要痴心妄想，你我是造反，按刑律当诛九族，我们唯有并肩一起杀敌。”
有些人听了李自成的蛊惑，本来放下的武器又重新拿起来，赵云见状也不再废话，大吼：“给我杀，李自成我要活的。”
卢象升和洪承畴也下令大军：杀。
明军与农民军两军厮杀在一块，而农民军哪里是他们的对手，没多久，即把农民军shalu殆尽，高迎祥战死，李自成被活捉，这可以说是给朱由检最好的礼物了。
赵云知道张献忠逃亡四川，他带领一部分去追张献忠部，终于，在秦良玉的双面夹击下，活捉张献忠。可以说明军大获全胜。
赵云此时把朝廷带来的万担粮食都发下去，缓解了当地的灾情，百姓对这个政府又充满了希望，因为他们知道当今圣上是一个明君，他们要在皇上的带领下过上好日子。
就这样，可以说两支最大的农民军就被消灭了，明军大获全胜，对明朝来说此战具有巨大的现实意义。
各部队收兵，而赵云押解李自成、张献忠回京复命。
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